(一) 办公室

承担省水文中心日常运转和综合协调。承担公文处理、会务文秘、宣传、保密、文书档案、督查督办、信访、接待、车辆管理及省水文中心机关后勤保障、政府采购、固定资产实物管理与维修等工作。承担全系统目标绩效考核。

(二) 水文建设处

承担规划计划工作，组织编制全省水文事业发展规划和综合规划，参与编制水利专项规划和组织水文专项规划；承担建设管理事务性工作，指导水文基础设施建设、管理、验收工作，指导地区水文中心固定资产管理工作，组织开展水文年报统计、行政事业单位资产统计等工作；组织安全生产工作，组织开展全省水文行业安全生产管理，指导隐患排查、风险识别及管控，制定安全生产相关制度并组织实施。

(三) 水文监测处

承担指导全省水文水资源监测工作，组织实施地表水、地下水、墒情等监测；贯彻实施水文监测技术规范，承担相关监测技术方案审核并监督实施，承担水文监测成果质量检查、监督工作；承担水文测站的设立、调整、站点勘查的技术管理；指导全省水文水资源监测数据整编工作，承担全省水文资料集中复审及水文年鉴汇编工作。指导开展新仪器新技术的比测率定及推广使用工作。

(四) 水情预报处

承担全省水文情报预报管理工作；组织编制全省水情工作发展规划 组织开展水文情报预报技术研究；组织编制修订水文预报方案；承担全省报汛站网的规划、调整和管理；承担全省主要江河水文情报、预测、预报和预警等工作。

(五) 水质生态监测处(四川省水质监测中心)

组织开展全省主要江河湖库、国家重点水质站、地下水水质监测；组织水质站网优化与调整；组织实施全省水质监测能力建设承担全省水质监测技术管理；组织实施全省水质监测质量管理 组织全省水质监测资料复审；参与编制水文水资源信息；配合生态环境等相关部门开展环境保护工作。

(六) 水资源评价处

承担四川省水资源(量) 调查与评价(含地下水)工作；开展水文水资源规律与趋势研究工作；承担四川省水资源公报编制工作承担全省水资源管理(量)的技术支撑工作；参与主要江河流域与区域的水资源规划。

(七) 水文科研处

组织全省水文科技与推广工作；组织水文科技项目研究和水文重大技术攻关；承担全省法制建设工作，宣传和贯彻水利、水文相关法律法规、技术标准； 组织水文行业技术交流 负责期刊、«四川省水文水资源监测年报»编印。

(八) 水文资料管理与信息化处

承担全省水文监测原始纸质资料、水文资料纸质整编成果的管理；承担工程项目档案、水文技术成果、技术标准规范、实用科技图表等文献资料档案管理；承担省水文中心水文资料库及水文资料信息化系统的日常管理与安全维护；承担四川水文信息化建设与网络安全管理工作；承担水文水资源信息化规划；承担水文水资源数据库建设与管理。

(九) 量水设施设备计量检测中心

承担全省水文计量管理工作；承担量水设施设备计量检定技术工作；承担水文测验设施设备的检定工作。

(十) 纪检与审计处

承担水文系统党组织及党员干部维护遵守党章党纪党规情况的监督检查、内部审计、党风廉政建设教育等工作；受理处置检举举报，受理党员控告和申诉；按照干部管理权限， 对水文系统党组织及党员干部违反党章和其他党内法规的行为进行查处。

(十) 财务处

承担中心日常财务管理工作 承担部门预算 核算与决算 指导地区水文水资源勘测中心财务管理 预算 核算 决算工作  承担资产核算的相关财务工作

(十二) 人事处

承担全省水文系统在职干部人事管理、机构编制、工资工作；组织水文系统职称评审与推荐、职工教育培训、职业技能鉴定工作；指导地区水文中心人才队伍建设。

(十三) 党群工作处

承担中心党委履行党建主体责任的日常工作；组织党员政治理论学习和党内集中学习教育；组织协调水文系统党建工作，协助党委落实意识形态工作责任制；承担党委会、中心组学习会的筹备及会务工作；承担职工思想政治、精神文明建设和支部建设。负责工会、共青团、统战等工作。

(十四) 退休人员服务处

承担退休人员管理工作。